I Presidi della Rete sono individuati tra quelli in possesso di documentata esperienza in attività diagnostica e terapeutica specifica per le malattie o per i gruppi di malattie rare, nonché di idonea dotazione di strutture di supporto e di servizi complementari, ivi inclusi, per le malattie che lo richiedono, servizi per l'emergenza e per la diagnostica biochimica e genetico-molecolare.

Si ricorda che ciascun Presidio costituisce riferimento solo per alcune delle malattie rare esenti.