Nota: il numero 28 e il numero 45 non sono attualmente attribuiti ad alcun Centro di riferimento, il numero totale di Centri della Rete Regionale Malattie Rare al 31.12.2025 è 61.
| 1. Ospedale Niguarda di Milano | |
| 2. Ospedale L. Sacco di Milano | |
| 3. Ospedale dei Bambini V. Buzzi di Milano | |
| 4. Ospedale Fatebenefratelli e Oftalmico di Milano | |
| 5. Ospedale S. Paolo di Milano | |
| 6. Ospedale S. Carlo Borromeo di Milano | |
| 7. Presidio Ospedaliero CTO di Milano | |
| 8. Presidio Ospedaliero Gaetano Pini di Milano | |
| 9. Ospedale E. Bassini di Cinisello Balsamo | |
| 10. Ospedale di Legnano | |
| 11. Ospedale di Magenta | |
| 12. Fondazione IRCCS San Gerardo dei Tintori di Monza | |
| 13. Ospedale di Garbagnate Milanese | |
| 14. Ospedale di Lecco | |
| 15. Ospedale di Merate | |
| 16. Ospedale S. Anna - S. Fermo della Battaglia (CO) | |
| 17. Ospedale Papa Giovanni XXIII di Bergamo | |
| 18. Ospedale di Treviglio | |
| 19. Spedali Civili di Brescia - Ospedale dei Bambini | |
| 20. Ospedale di Mantova | |
| 21. Ospedale di Cremona | |
| 22. Ospedale di Crema | |
| 23. Ospedale di Gallarate | |
| 24. Ospedale di Busto Arsizio | |
| 25. Ospedale di Saronno | |
| 26. Ospedale di Circolo e Fondazione Macchi di Varese (report in fase di redazione) | |
| 27. Ospedale F. Del Ponte di Varese (report in fase di redazione) | |
| 29. Fondazione IRCCS Istituto Nazionale dei Tumori di Milano (report in fase di redazione) | |
| 30. Fondazione IRCCS Istituto Neurologico C. Besta di Milano (report in fase di redazione) | |
| 31. Fondazione IRCCS Ca' Granda Ospedale Maggiore Policlinico di Milano (report in fase di redazione) | |
| 32. IRCCS Ospedale San Raffaele di Milano (report in fase di redazione) | |
| 33. IRCCS Istituto Auxologico Italiano di Milano (report in fase di redazione) | |
| 34. IRCCS Policlinico San Donato, San Donato Milanese (MI) (report in fase di redazione) | |
| 35. IRCCS Istituto Clinico Humanitas di Rozzano (MI) (report in fase di redazione) | |
| 36. Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo di Pavia (report in fase di redazione) | |
| 37. Istituti Clinici Scientifici Maugeri - IRCCS Milano (Via Camaldoli) (report in fase di redazione) | |
| 38. IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Nazionale Casimiro Mondino di Pavia (report in fase di redazione) | |
| 39. IRCCS Eugenio Medea - Associazione La Nostra Famiglia - Polo di Bosisio Parini (LC) (report in fase di redazione) | |
| 40. Centro Clinico NeMO - Fondazione Serena ONLUS di Milano (report in fase di redazione) | |
| 41. Ospedale San Giuseppe di Milano (report in fase di redazione) | |
| 42. Casa di Cura Igea - Dipartimento di Scienze Neuroriabilitative di Milano (report in fase di redazione) | |
| 43. I.O. Fondazione Poliambulanza di Brescia (report in fase di redazione) | |
| 44. Istituti Ospedalieri Bergamaschi - Policlinico San Marco di Zingonia (BG) (report in fase di redazione) | |
| 46. Ospedale di Montichiari (report in fase di redazione) | |
| 47. IRCCS Istituto Europeo di Oncologia di Milano (report in fase di redazione) | |
| 48. Ospedale di Vimercate (MB) (report in fase di redazione) | |
| 49. IRCCS Centro Cardiologico Monzino di Milano (report in fase di redazione) | |
| 50. Ospedale di Sondalo (SO) (report in fase di redazione) | |
| 51. Ospedale di Sondrio (report in fase di redazione) | |
| 52. Ospedale di Bozzolo (report in fase di redazione) | |
| 53. Ospedale di Lodi (report in fase di redazione) | |
| 54. IRCCS INRCA - Istituto Nazionale di Riposo e Cura per Anziani di Casatenovo (LC) (report in fase di redazione) | |
| 55. Ospedale Valduce di Como (report in fase di redazione) | |
| 56. Ospedale Bolognini di Seriate (BG) (report in fase di redazione) | |
| 57. Ospedale di Desio (MB) (report in fase di redazione) | |
| 58. IRCCS S. Maria Nascente - Fondazione Don Gnocchi Onlus di Milano (report in fase di redazione) | |
| 59. Istituti Clinici Scientifici Maugeri - IRCCS Pavia (Via Maugeri) (report in fase di redazione) | |
| 60. Humanitas San Pio X di Milano (report in fase di redazione) | |
| 61. Centro Clinico NeMO - Fondazione Serena ONLUS di Brescia (report in fase di redazione) | |
| 62. Villa Santa Maria SCS - Tavernerio (CO) (report in fase di redazione) | |
| 63. IRCCS Ospedale Galeazzi - Sant'Ambrogio di Milano | |
I rapporti sono a cura del Centro di Coordinamento.